İl sağlık müdürünün görevleri şunlardır:
a) Bakanlığın il düzeyindeki hizmetlerinin etkili ve verimli bir şekilde yürütülmesinden sorumludur.
b) Bakanlığın düzenlemeleri çerçevesinde il düzeyinde personelin adil ve dengeli dağılımını yapar ve bu amaçla il içinde personel nakil ve görevlendirme işlemlerini doğrudan gerçekleştirir.
c) Acil sağlık hizmetlerinin yürütülmesi için kamu ve özel hukuk tüzel kişileri ile gerçek kişilere ait tüm sağlık kurum ve kuruluşlarının sevk ve idaresinden sorumlu ve bu konuda yetkilidir.
ç) Kamu ve özel tüm sağlık kurum ve kuruluşlarını Bakanlığın planlamaları doğrultusunda sağlık hizmetinin sunumunun sağlanması, denetlenmesi ve yürütülmesini temin eder.
d) Bakanlıkça yürütülen görevleri il ve ilçe düzeyinde yerine getirir, yapılan düzenlemelere uyumu denetler ve gerekli yaptırımları uygular.
e) Birden fazla ildeki sağlık hizmetlerinin bir arada değerlendirilmesi, gelişmişlik farklarının giderilmesi ve hizmetlerin ve ihtiyaçların müşterek planlanması amacıyla Bakanlık tarafından koordinatör olarak görevlendirilmesi halinde belirlenen illere koordinasyon sağlar.
f) Görevalanı ile ilgili konularda ulusal veya uluslararası, kamu veya özel kurum ve kuruluşlarla bilimsel ve teknik iş birliği yapılmasını temin eder.
g) İl düzeyinde sağlık hizmetlerinin daha etkin ve verimli sunulabilmesi için Bakanlık planlamalarında değerlendirilmek üzere önerilerde bulunur.
ğ) Başkan ve başkan yardımcılarının görev dağılımını belirler.
h) Bakanlığın belirlediği sağlık bilişimi standartlarının uygulanmasını, merkezi bilişim sistemlerine veri gönderimlerini, sağlık bilişimi alanındaki projelerin takibini, il genelindeki kamu ve özel hukuk tüzel kişileri ile gerçek kişilere ait tüm sağlık kurum ve kuruluşlarında takip eder, denetler ve gerekli yaptırımları uygular.
ı) Bakanlık tarafından verilen diğer görevleri yürütür.